指定券を発券した列車に乗らなかったときは？

発券した指定券は無効になります。

キャンセル料の発生やペナルティーなどは、ありません。

指定券の取得回数制限がある場合は、そのままカウントされます。
乗車しなかった回数分の指定券を再度取得することはできません。

また、取得回数制限が無いフリーパスの場合、
何らかの事情により乗り遅れてしまったなどの場合は、やむを得ないとして、
事前に乗車しないことがわかる場合は、不要な「指定券」を事前に返却することをお勧めします。

「指定券」の返却は、「みどりの窓口」や「きっぷうりば」など、係の方がいる窓口で行えます。

窓口が開いていない時間帯や、急いでいて窓口が混雑している場合は、
改札口の係の方に事情を説明すれば受け取って頂ける思います。
（「乗車しないので返却したいが窓口が混雑しているので」など、伝えてみて下さい）

返却しないと、取得した席は、空席のまま運行されることとなってしまい、
他に乗車したかった方がいらっしゃるかもしれませんし、
ＪＲとしても得られるはずの収入を得られなくなってしまうことにもなりかねません。